『甲斐国志』に拠れば、承和3年（836年）に熊野権現が出現して温泉が湧いたとする伝承を記し、この温泉を中心に下部村が形成されたという。鎌倉時代の日蓮書状（『日蓮聖人遺文』）によれば日蓮が当地で湯治を行い、室町時代には塩山向嶽寺の開祖・抜隊得勝も湯治をしたと言われる（『抜隊語録』による）。甲府の一蓮寺（甲府市太田町）に伝来する一蓮寺過去帳にも地名が見られる。戦国時代に下部村は湯之奥金山や木材伐採など河内地方の産業を支える拠点にもなり、下部温泉は河内領主の穴山氏が再興し（天正6年（1578年）7月20日佐野次郎右衛門尉宛穴山信君朱印状、風水被害を受けた温泉の復興を命じる内容）、徳川家康も入浴したという（『国志』）。 江戸時代に湯治場となり、身延山久遠寺参詣者も利用した。戦国時代には武田信玄の隠し湯であるとする付会伝説が加わり、近代には富士身延鉄道（身延線）の開通により浴客は急増した。1956年（昭和31年）6月15日、国民保養温泉地に指定。 旧源泉は鉱泉分析法指針に基づく「低温泉」に指定されているほどの非常にぬる湯であり、旧源泉を使用している多くの温泉宿では源泉そのままの湯と加温した湯の2種類の浴槽を用意している[1]。 2004年（平成18年）の温泉偽装問題では、一部の源泉が温泉法の規定外であることがわかり、山梨県衛生公害研究所による詳細な検査の結果、泉温が21.7℃と温泉法の定める25℃以上を大きく下回っていたことが発表された。この源泉では1969年に25.9℃と温泉法の規定を満たしていることを確認した後、低温の地下水の泉脈への流入量が増加し、それにより泉温低下が発生したと推測されている。これを受けて新たな源泉掘削を行った結果、2006年（平成18年）に高温の源泉が湧出。新源泉は「しもべ奥の湯高温源泉」と名付けられ供給を開始している。

道の駅として第1回での登録であり、山梨県では1番最初に指定されている。国道52号沿いを走行していると大きなたけのこのモニュメントがあるのが特徴である。静岡方面から山梨・長野方面への交通路でありトラックや観光バスの往来が多いことから随時駐車場やトイレの拡張が行われている。

山梨県富士吉田市上吉田にある神社。旧社格は県社で、現在は神社本庁の別表神社。 全国にある浅間神社の一社である。富士登山吉田口登山道の起点にあたり、「富士山-信仰の対象と芸術の源泉」の構成資産のひとつである「富士山域」の一部として世界文化遺産に登録されている。